W 1542 r. do Japonii dotarli pierwsi Europejczycy. Już pod koniec XVI wieku w Japonii było ponad pół miliona chrześcijan. Jednak na początku XVII w. wybuchły krwawe prześladowania i wkrótce wydano zakaz przyjmowania wiary chrześcijańskiej; zaczęto niszczyć kościoły, a z kraju usuwano misjonarzy. Wśród niosących Ewangelię na wyspy Japonii było także wielu augustianów. Mimo wielkich trudności i niebezpieczeństw postanowili oni działać dalej w ukryciu. Dopiero zaostrzone edykty prześladowcze uniemożliwiły im dalszą pracę misjonarską. W kolejnych latach ponieśli oni śmierć męczeńską.
Pierwszym augustiańskim męczennikiem w Japonii został Ferdynand Ayala. Urodził się w 1575 r. w okolicach Toledo w znanej rodzinie. Otrzymał klasyczne wykształcenie. W 18. roku życia poprosił o przyjęcie do Zakonu augustiańskiego. Z powodu wielkich zdolności i dobrych wyników w nauce został wysłany na dalsze studia do Alcala. W tym czasie zaczęto szukać chętnych do pracy misyjnej. Ferdynand jako jeden z pierwszych zgłosił się do tego zadania. Do Japonii przybył w 1605 r. Nauczył się języka i stosunkowo szybko mógł głosić słowo Boże. Nie zadowalał się jedynie pozyskiwaniem konwertytów, starał się także o ich dalsze kształcenie. Szczególnie angażował się w formację katechetów. Na początku wielkich prześladowań Ferdynand przebywał w szczególnie rozwiniętym centrum misjonarskim w Nagasaki. W 1617 r. został pojmany, uznany za winnego i skazany na ścięcie mieczem. Poniósł śmierć 1 czerwca 1617 r. w Omurze.
Piotr de Zuñiga pochodził ze znakomitego rodu; jego ojciec był wicekrólem Meksyku. Urodził się w 1585 r. w Sewilli. Wcześnie wstąpił do augustianów. W 1605 r. wyruszył do pracy misyjnej na Filipiny. Wiadomość o heroicznej śmierci o. Ferdynanda obudziła w nim pragnienie pójścia w jego ślady. W 1620 r. wsiadł na statek japońskiego kapitana Firayamy, chrześcijanina. Na statku było jeszcze wielu chrześcijan japońskich, powracających z Filipin do ojczyzny. Na pełnym morzu statek został porwany przez piratów holenderskich, doprowadzony do portu Firando i przekazany władzom japońskim z informacją, że znajdują się na nim misjonarze chrześcijańscy. Ojciec Piotr po dwóch latach więzienia został skazany na śmierć przez spalenie w powolnym ogniu.
Bartłomiej Gutiérrez urodził się w 1580 r. w Meksyku. Wstąpił do augustianów i przyjął święcenia kapłańskie. W 1606 r. wysłano go na Filipiny. Myślał, że będzie to krótki przystanek w drodze do upragnionej Japonii, ale zatrzymano go w Manili na 6 lat i mianowano mistrzem nowicjuszy. W Japonii znalazł się dopiero w 1612 r. Po trzech latach władze japońskie odprawiły go na Filipiny. Powrócił stamtąd potajemnie w 1618 r., oczekiwany przez konwertytów. Przez 10 lat udawało mu się uniknąć licznych zasadzek. Potrafił zorganizować trzeci zakon augustiański i uformować wielu katechistów. Część z nich zginęła śmiercią męczeńską 28 września 1628 r. Sam Bartłomiej został aresztowany w listopadzie 1629 r. Miesiąc przed śmiercią poddawano go torturom wrzącej siarczanej wody, a w końcu spalono go żywcem.
Wincenty Carvalho był Portugalczykiem z Lizbony, gdzie też wstąpił do augustianów. W 1622 r. przybył do Japonii. Był to czas, w którym trwało istne polowanie na misjonarzy. Musiał więc poruszać się z wielką ostrożnością. W Nagasaki występował jako kupiec, a w Omurze udawał klowna. Przez 7 lat udawało mu się w miarę systematycznie docierać do rozproszonych wspólnot z posługą kapłańską. Wydał go władzom pewien apostata; w listopadzie 1629 r. Wincenty został aresztowany i osadzony w więzieniu w Omurze, gdzie spotkał innych misjonarzy. Po dwóch latach przewieziono wszystkich do Nagasaki. Poddani zostali torturom, po miesiącu męczarni umieszczono ich w więzieniu. 3 września 1632 r. zostali spaleni w powolnym ogniu.
Franciszek od Jezusa Ortega pochodził z Hiszpanii, z okolic Palencji. W 1614 r. w wieku 17 lat wstąpił do augustianów. Niedługo po święceniach kapłańskich wyjechał na misje. Przez Meksyk (1622) i Filipiny (1623) dotarł do Japonii, gdzie był przełożonym działających tam potajemnie misjonarzy augustiańskich. Po aresztowaniu podzielił los o. Carvalho.
Spośród męczenników tego czasu papież Pius IX w 1867 r. ogłosił błogosławionymi pięciu augustianów-misjonarzy i siedmiu ich japońskich pomocników, z których większość była oblatami lub tercjarzami Zakonu. Ich wspomnienie Zakon augustiański obchodzi 28 września.
Tego samego dnia przypada też wspomnienie Magdaleny z Nagasaki, beatyfikowanej w 1981 r. a kanonizowanej w 1987 r. przez Jana Pawła II. Magdalena urodziła się w 1611 r. w rodzinie chrześcijańskiej. Po przybyciu augustianów do Japonii współpracowała z misjonarzami jako tercjarka augustiańska, tłumaczka i katechetka. Podczas prześladowań, aby dać przykład odwagi wątpiącym chrześcijanom, w 1634 r. zadeklarowała się przed lokalnymi władzami jako chrześcijanka. Została poddana torturze tsurushi. Była to technika tortur, zwana „odwrotnym powieszeniem” lub „torturą jamy”, stosowana w XVII w. w Japonii w stosunku do chrześcijan, których starano się w ten sposób skłonić do apostazji. Torturowanego zawieszano w jamie, często wypełnionej nieczystościami, głową w dół za nogi na linie, przywiązując jedną rękę do ciała, a drugą pozostawiając wolną, by w każdej chwili mógł dać znak, że jest gotów wyrzec się wiary. Magdalena zmarła po 13 dniach męczarni, po śmierci jej ciało spalono, a popiół rozsypano w zatoce Nagasaki.